gnome-3.14 で ctrl と caps の入れ替えが動いてなかった
org.gnome.desktop.input-sources.xkb-options に ['ctrl:swapcaps'] は設定済み。
で、動いてる環境と設定を見比べてたら、 どうやら org.gnome.desktop.input-sources.sources の方の設定も必要らしい。 ダメな環境では空になっていた。
[('xkb', 'us')] と設定して (All Settings -> Keyboard -> Input Sources から English (US) を追加して) 解決。